The perbezaan utama antara pengekstrakan DNA dan RNA ialah tahap pH Pengekstrakan DNA adalah pH 8 sedangkan tahap pengekstrakan RNA adalah pH 4.7. DNA cenderung mengalami denaturasi dan bergerak ke fasa organik pada pH berasid. Pada pH alkali, RNA menjalani hidrolisis alkali kerana kehadiran 2 ′ OH dalam gula ribosa.

Pengekstrakan DNA dan RNA adalah dua prosedur yang terlibat dalam pengasingan dan pemurnian asid nukleik dari sel-sel tisu. Kedua-dua prosedur terdiri daripada tiga langkah. DNA dan RNA yang berkualiti memainkan peranan penting dalam eksperimen biologi molekul, bioteknologi, genomik, dan epidemiologi.

Kawasan Utama Dilindungi

1. Apa itu Pengekstrakan DNA - Definisi, Prosedur 2. Apa itu Pengekstrakan RNA - Definisi, Prosedur 3. Apakah Persamaan Antara Pengekstrakan DNA dan RNA - Garis Besar Ciri Umum 4. Apakah Perbezaan Antara Pengekstrakan DNA dan RNA - Perbandingan Perbezaan Utama

Syarat Utama: Lisis Sel, Denaturasi Protein, Pengekstrakan DNA, pH, Pemendakan, Pengekstrakan RNA

Apa itu Pengekstrakan DNA

Pengekstrakan DNA adalah prosedur pengasingan dan pemurnian DNA. DNA boleh diasingkan dari darah, sampel tisu beku atau blok tisu parafin. Tiga langkah pengekstrakan DNA adalah lisis sel, pengasingan DNA, dan pemendakan. Semasa lisis sel, penghalang membran sel seperti membran sel dan membran nukleus terbuka untuk mendedahkan DNA. Langkah seterusnya adalah penyingkiran lipid membran dari sampel. Akhirnya, pemendakan DNA melibatkan penyingkiran protein yang berkaitan dengan DNA oleh protease dan penyingkiran RNA oleh RNase.

Gambar 1: Prosedur Pengekstrakan DNA

Protokol Asas Pengekstrakan DNA

Di bawah ini ditunjukkan protokol asas pengekstrakan DNA.

1. Lisis sel dengan penyangga lisis sel untuk membran membran sel

2. Lipid dipecahkan dengan detergen dan surfaktan

3. Pencernaan protein dengan menambahkan protease

4. Pencernaan RNA dengan menambahkan RNase

5. Pemisahan serpihan sel, protein yang dicerna, lipid, dan RNA dengan menambahkan garam pekat diikuti dengan sentrifugasi

6. Pemendakan etanol DNA dengan etanol atau isopropanol sejuk. Kekuatan ion natrium asetat dapat digunakan untuk meningkatkan pemendakan. DNA yang diendapkan muncul sebagai utas dalam larutan akhir.

Gambar 2: DNA yang diekstrak

Pengambilan fenol-kloroform juga dapat digunakan untuk memisahkan DNA dari protein. Di sini, fenol mendefinisikan protein dalam sampel, dan DNA kekal dalam fasa berair pada akhir pengekstrakan. Dan, dalam fasa organik, anda dapat menemui protein yang didenaturasi. Kaedah lain untuk mengekstrak DNA adalah pemurnian minicolumn. Di sini, pengikatan DNA ke dalam lajur bergantung pada pH dan kepekatan garam penyangga.

Apa itu Pengekstrakan RNA

Pengekstrakan RNA merujuk kepada proses pemurnian RNA dari sampel. Kaedah konvensional pengekstrakan RNA disebut pengekstrakan guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform. Guanidinium thiocyanate mendefinisikan protein. Lebih-lebih lagi, ia mengganggu ikatan hidrogen molekul air dan berfungsi sebagai agen chaotropik. Reagen khas digunakan dalam pengekstrakan RNA yang disebut Reagen tri. Ia mengandungi guanidinium thiocyanate, fenol, dan sodium asetat. Tujuan langkah-langkah asas pengekstrakan RNA adalah serupa dengan pengekstrakan DNA. Protokol untuk pengekstrakan RNA dijelaskan di bawah.

1. Sel dibasuh dengan PBS sejuk untuk mengekalkan osmolariti sel.

2. Aspirasi sel dan homogenkan sampel dengan Tri-reagen.

3. Masukkan kloroform dan goncangkan.

4. Sentrifugasi boleh menghasilkan tiga lapisan. Lapisan atas adalah lapisan berair, yang jelas. Lapisan tengah atau interphase mengandungi DNA yang diendapkan. Lapisan bawah adalah lapisan organik, yang berwarna merah jambu.

5. Keluarkan lapisan berair dan tambahkan isopropanol. Sentrifugasi boleh mengakibatkan pelet.

6. Basuh pelet dengan 75% etanol. Udara keringkan pelet.

7. Larutkan pelet dengan buffer TE atau air.

Gambar 3: Pengekstrakan RNA Phenol-Chloroform

Pengekstrakan RNA secara amnya dilakukan pada pH di bawah 7. Pada pH alkali, RNA lebih cenderung terdegradasi oleh hidrolisis alkali kerana kehadiran kumpulan OH pada kedudukan 2 sugar gula ribosa. Sebagai tambahan, RNA cenderung berada dalam fasa berair pada pH berasid. Sebaliknya, DNA cenderung mengalami denaturasi dan bergerak ke fasa organik pada pH berasid. Oleh itu, pengekstrakan DNA dapat dilakukan pada sekitar pH 8. DNA terdiri dari gula deoxyribose dan tidak mengalami hidrolisis alkali.

Persamaan Antara Pengekstrakan DNA dan RNA

Perbezaan Antara Pengekstrakan DNA dan RNA

Definisi

Pengekstrakan DNA: Prosedur pengasingan dan pemurnian DNA

Pengekstrakan RNA: Proses pemurnian RNA dari sampel

Jenis Asid Nukleik yang Diekstrak

Pengekstrakan DNA: DNA

Pengekstrakan RNA: RNA

pH

Pengekstrakan DNA: Selesai pukul 8

Pengekstrakan RNA: Selesai pukul 4.7

Langkah-langkah

Pengekstrakan DNA: Memecahkan membran sel atau lisis sel, membuang lipid membran, dan memendapkan DNA

Pengekstrakan RNA: Lisis sel, pengekstrakan guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform, penyediaan dengan isopropanol

Penggunaan Air Dirawat DEPC

Pengekstrakan DNA: Tiada

Pengekstrakan RNA: Semua reagen disediakan dengan air yang dirawat DEPC

Penyimpanan

Pengekstrakan DNA: DNA boleh diekstraksi sebelumnya dan disimpan dalam kumpulan

Pengekstrakan RNA: Pengekstrakan RNA dilakukan sebelum prosedur hilir

Penyimpanan Jangka Panjang

Pengekstrakan DNA: Pada suhu -20 ° C

Pengekstrakan RNA: Pada suhu -80 ° C

Kesimpulannya

Pengekstrakan DNA dilakukan pada pH 8. DNA cenderung bergerak ke fasa organik kerana ia mendidih pada pH berasid. Tetapi, pengekstrakan RNA dilakukan pada pH rendah untuk mencegah degradasi oleh hidrolisis alkali. Tujuan asas langkah pengekstrakan DNA dan RNA adalah serupa. Perbezaan utama antara pengekstrakan DNA dan RNA adalah keadaan pH yang digunakan dalam setiap jenis pengekstrakan.

Rujukan:

1. "Asas Pengekstrakan DNA." Buku Teks Maya Alaska BioPREP, Alaska BioPREP University of Alaska Fairbanks, Terdapat Di Sini2. "Pengasingan RNA dan Protokol Transkripsi Terbalik: Sel dalam Budaya." abcam, Terdapat Di Sini

Gambar Kesopanan:

1. "Gambar 17 01 02" Oleh CNX OpenStax - (CC BY 4.0) melalui Wikimedia Commons 2. "Pengekstrakan DNA" Oleh Joo Nath - Karya sendiri (CC BY-SA 4.0) melalui Commons Wikimedia 3. "Pengekstrakan PhOH-CHCl3" Oleh Squidonius (bicara) - Karya sendiri (Teks asal: buatan sendiri) (Domain Awam) melalui Wikimedia Commons